为代表的军队强硬派提供了新型的微型核弹，造成了残酷的核打击。戈尔巴乔夫直言，此次事件将壮大苏军强硬派，并有可能导致他的下台，而军队强硬派一旦上台只会使业已紧张的局势更加恶化，第三次世界大战只会是一个时间问题，要求美国方面动用一切办法消除此次麻烦（杀死美国叛逃人员THEBOSS），而苏联将会在一定范围内给予其。
死里逃生的梅森第二次被国家派入苏联境内，这一次是从一架SR－71“黑鸟”超远程侦察机的空投仓中进入………这一次梅森有了一个金发美女伊娃（伊娃）的，而要面对的敌人也更加可怕：由THEBOSS以前亲手训练的异能特种部队“眼镜蛇”（成立于二战时期，由美苏双方共同组建，年轻时候的THEBOSS就是其队长，为打击纳粹法西斯立下了汗马功劳，只是由于冷战的爆发，眼镜蛇部队解散，队员们为了各自的国家立场相互残杀）！他们中有擅长狙击，可以数月乃至一年不进食，等候猎物的THEEND；舌头经过分叉改造，手持剧毒弩弓，擅长丛林作战的THEFEAR；浑身都是马蜂，使用声音指挥马蜂攻击THEPAIN；身穿黑色的防弹太空服，使用火焰喷射器的THEWOLF以及擅长精神攻击的鬼魂奥尔娜（原是THEBOSS的恋人，但由于国家立场不同，奥尔娜死于THEBOSS枪下，他们两人的孩子也被不明身份的人抱走）！梅森经过艰苦的战斗终于将“眼镜蛇”部队打败，顺利地获取了SHAGOHOD的技术情报和神秘的“哲学家”遗产芯片。而金上校在出动SHAGOHOD追击梅森时，由于奥赛罗特对其为人鄙视不予援手，结果反被梅森收拾。
最后，经过一番激烈的较量，THEBOSS被自己的学生梅森打败，THEBOSS最后对梅森的教导就是杀死自己，梅森举枪亲手杀死了自己的导师，然而他的心中却没有完成任务的喜悦，只有无限的惆怅。随后，梅森带着伊娃亡命般逃向国境线，两人在一个小木屋中度过了一个浪漫的夜晚……在两人激情的一夜后,第二天梅森发现伊娃不知何时已经走了.只留下了一盘留声带。伊娃留言告诉梅森,其实她并不是真正的伊娃，真正的伊娃都是男的，她从一开始就冒充了伊娃，而假装成KGB（克格勃）的间谍，潜入了GRU（格鲁乌
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